Возможен спойлер:
Сюжет телесериала «Котаро живёт один» разворачивается вокруг пятилетнего мальчика по имени Котаро, который неожиданно переезжает в квартиру в жилом комплексе. Он живёт один, однако его независимая жизнь не лишена особенностей: Котаро постоянно одет в традиционную японскую одежду и обожает изучать мир вокруг. Со своими соседями, например, с художником Сато и девушкой по имени Аяка, он быстро находит общий язык, хотя его поведение иногда вызывает недоумение.
В ходе развития сюжета Котаро сталкивается с различными трудностями, связанными с его молодым возрастом и одиночеством. Его соседи, изначально настроенные с подозрением, начинают замечать, что под его внешностью скрывается удивительная умственность и жизненный опыт. Котаро делится с ними своими наблюдениями о жизни и о том, что значит существовать самим собой, и вскоре его простые, но глубокие размышления начинают оказывать влияние на окружающих. Однако у них возникают вопросы о том, почему мальчик живёт один и какие секреты он хранит.
Теперь соседи стараются выяснить, какие события привели Котаро к такой жизни, и постепенно начинают раскрывать его прошлое. Однако каждый из них сталкивается с личными проблемами, что делает их поиски более сложными. Они находятся на пути к пониманию, однако каждое новое открытие приводит к ещё большим вопросам о том, как помочь Котаро и поддержать его на этом трудном пути.